Esta unidad presta apoyo paleontológico a los proyectos de cartografía geológica básica por medio de la identificación de fauna, flora y huellas fósiles recolectadas u observadas en terreno, a las que asigna edades, cuando es posible, relativas a las rocas que los contienen, para las que se evalúa, además, su significado paleoambiental.
Una segunda actividad central consiste en llevar a cabo el registro digital y la conservación física de los fósiles que componen la Colección Paleontológica institucional. Estos bienes avalan la información contenida en los productos de la cartografía geológica nacional, permiten su reanálisis y comparación con nuevos datos o hallazgos, y han sido o pueden ser utilizados por profesionales del Servicio y especialistas nacionales y del extranjero para generar nuevo conocimiento geológico y paleontológico.
Los paleontólogos de la institución mantienen proyectos de investigación en taxonomía de macroinvertebrados fósiles, en especial en ostras y otros grupos de bivalvos, destinados a conocer su diversidad e incrementar el conocimiento y aplicación biocronoestratigráfica de las especies o taxones estudiados, lo que es dado a conocer en publicaciones y reuniones científicas.

Stephanoceras chilensis, amonite del período Jurásico del Norte de Chile (~170 millones de años)